稅收政策不同：海南離島免稅是指在海南省指定的離島免稅商店購買商品，免除關稅、消費稅和增值稅;而跨境電商進口是指在跨境電商平臺上購買境外商品，免除關稅，消費稅和增值稅按照70%征收。
額度不同：海南離島免稅額度是10萬/年，不限次數;跨境電商進口額度是2.6萬/年，單次消費限額5000元。
商品種類不同：海南離島免稅商品的品種總計有45類，包括食品類、化妝品類、服飾類、飾品類、電子產品、家居類、其他類;跨境電商進口正面清單內目前有1476項商品，涵蓋了食品飲料、服裝鞋帽、家用電器、化妝品、兒童玩具、生鮮、保健品、酒類等國內熱銷商品。
購買方式不同：海南離島免稅需要前往海南指定離島免稅商店購買;跨境電商進口可以在電腦或手機上通過跨境電商平臺購買，保稅倉發貨，滿足消費者個性化需求。
跨境電商零售進口國外產品流程：
1、境外海外倉集貨;
2、國際物流運輸到國內;
3、國內報關進入綜合保稅區倉庫;
4、在跨境商城銷售；
5、單一窗口海關報關;
6、快遞派送給消費者。

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