發酵器的缺點是開工階段時間較長，為了達到所需細胞濃度和穩定操作時間需要2～3周。膜發酵器通過裝透析膜，將發酵器內部劃分為發酵器和進出料區兩部分，糖液進入進料區，糖分 通過透析膜進入發酵區，發酵區保持有高濃度的酵母，將糖迅速發酵，產生的酒精反向通過膜進入出料區排出器外。這類發酵器尚待解決的問題是糖分滲透速度和膜微孔的堵塞問題。固定化細胞反應器固定化酵母酒精發酵流程以研制的較成功。
1.利用海藻酸鈉包埋酵母間歇 連續糖蜜酒精發酵。發酵液酒精度達8.5％～9.0％(體積分數)，酒精產率20ｇ/(l·h)。連續發酵設備流程淀粉質原料生產酒精連續發酵設備流程順流式連續發酵設備流程全封閉式連續發酵設備流程糖蜜原料生產酒精酒連續發酵設備流程順流式連續發酵設備流程糖蜜原料生產酒精連續發酵設備流程雙濃度連續發酵設備流程酒精發酵時細胞濃度可達10～12ｇ/l；酒精產率達6g/(l·h)，是間歇發酵的三倍；投資 可比間歇工藝降低50％；操作成本降低50％。
2.兩只連續攪拌發酵器串聯組成的發酵系統進行酒精發酵時，其酒精產率比單罐高1.3倍連續細胞回用發酵器使用細胞濃度增加83g/l，酒精產率達30～40g/(l·h)。但必須配置投資較大的酵母細胞分 離設備，操作成本較高。
3.塔式發酵器塔徑0.9～2ｍ,徑高比1：(7~10)，在兩塊篩孔板之間放置絮凝酵母顆粒。糖液從底部進 入，在上升過程中被發酵，而酵母逐步下沉，并被保留在發酵器內，發酵器內細胞濃度為50～80g/l，酒精產率為60~150g/(l·h)。

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