出口加工區的歷史發展
改革開放20年后，由于出口促進與加速貿易市場化改革的激勵，我國主要形式是“三來一補”業務和進料加工業務的加工貿易發展迅猛，并且加工貿易已涉及我國絕大部分產業，成為中國對外貿易的主要方式和吸收外資的主要形式，也在引進先進的技術和科學管理、解決勞動力就業等方面發揮了積極作用。但是，由于我國對分散經營的加工貿易采取開放式的管理，出現了利用加工貿易渠道走私等一些不容忽視的問題，導致管理難度的大為增加。此外，以大量利用境外資源在境內加工再復出口，即兩頭在外為特征的加工貿易，也已面臨著如何從大量利用境外原材料、零部件、元器件發展到如何充分利用境內、外兩種資源的情況。
為了改革加工貿易的監管模式，解決長期以來對加工貿易企業難以進行有效監管和手續繁雜的矛盾，遏制屢禁不絕的加工貿易走私等現象，為了實現對加工貿易實行優化存量，控制增量，規范管理，提高水平的管理，2000年4月27日，國務院正式批準設立出口加工區，把加工貿易漫山放羊式改為圈羊式管理，首批批準進行試點的出口加工區有15個。
2000年，國務院正式批準設立出口加工區后，相關部門先后出臺了《中華人民共和國海關對出口加工區監管的暫行辦法》（國務院令第389號）、《出口加工區稅收管理暫行辦法》（國稅發〔2000〕155號）、《出口加工區的加工貿易管理暫行辦法》（商務部2005年第27號令）、《保稅監管區域外匯管理辦法》（匯發〔2007〕52號）等規章制度，對出口加工區的性質、功能、主要優惠政策作了規定，為出口加工區的規范管理和正常運作提供了保障。
2002年10月1日起，國家對部分進口稅收優惠政策進行了適當調整。其中《外商投資企業指導目錄》中，產品全部直接出口的允許類外商投資項目，一律先照章征收關稅和進口環節稅，經核查如產品全部直接出口情況屬實的，每年返還已納稅額的20%，5年內予以全部返還，如情況不實，當年稅款不再返還，同時還追繳該項目已返還的稅款，并依法予以處罰。此項政策調整將有利于出口加工區吸引企業入區，企業入區可以享受進口設備免稅，而區外是先征稅，核實后再分年返還。可見，出口加工區作為特殊區域的優勢將會日益凸顯出來。
2005年3月，海關總署制定并頒布《中華人民共和國海關出口加工區貨物出區深加工結轉管理辦法》，允許將出口加工區加工貿易產品銷往區外企業繼續深加工。我國出口加工區的加工貿易產品的區外深加工業務的開展，適應了現代企業工業化大生產條件下產業互補配套的生產經營需求，延長了區內加工貿易產業鏈，提高了區內加工貿易產品附加值，增強了區內加工貿易企業生產經營能力。
2005年11月，為更好地適應加工貿易企業要求加工制造和現代物流協調發展的需求，國務院明確了我國出口加工區“加工制造為主，保稅物流為輔”新的功能定位思路，“在現有的保稅加工功能基礎上，增加保稅物流功能，積極探索發展第三方物流和引入研發中心，允許進區的物流公司不僅服務于區內加工貿易企業，而且可將物流配送業務拓展到區外，促進出口加工區加工制造和現代物流協調發展。
2006年12月，國務院批準在北京天竺、上海松江、江蘇昆山、山東煙臺、陜西西安、浙江寧波、重慶等七個出口加工區拓展保稅物流功能試點，在原有出口加工區的保稅加工制造功能的基礎上，增加保稅物流和研發、檢測、維修兩個方面的功能。
2007年年初，經國務院批準，上海松江等七個出口加工區率先開展保稅物流功能和開展研發、檢測、維修業務試點并取得成效。海關總署負責人表示，下一步，海關還要將具備條件的保稅區、出口加工區、保稅物流園區整合轉型為保稅港區或綜合保稅區，并最終使內陸的海關特殊監管區域整合為綜合保稅區，沿海沿江的海關特殊監管區域整合為保稅港區，實現功能、政策、管理制度、監管模式等的規范統一。
2007年8月，海關總署在《海關保稅監管改革分步實施方案》中提出，到2010年，要使出口加工區和保稅區等海關特殊監管區域實施“物理圍網”監管模式的加工貿易進出口總值占全部加工貿易進出口總值的比率達到25%。
2008年12月，國務院發布《關于保持對外貿易穩定增長的意見》（國辦發〔2008〕135號）。該文件明確了“允許出口加工區拓展保稅物流功能及開展研發、檢測、維修業務”。
2009年，海關總署下發《海關總署關于出口加工區拓展保稅物流功能海關監管有關問題的通知》（署加函〔2009〕49號），明確全國出口加工區全面拓展功能后海關監管操作辦法，即按照《海關總署關于出口加工區拓展保稅物流功能及開展研發、檢測、維修業務試點有關問題的通知》（署加發〔2007〕168號）執行，編發了《出口加工區拓展物流等功能文件匯編》。
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