跨境電商對應的訂單、支付單、物流單、清單報送海關系統后，根據相應的業務規則查驗對應訂單，根據查驗結果決定是否放行，只有經查驗放行的訂單才可進入后續分揀、配送階段。
三單合一監管規則下電子清關核心報送信息如下:
訂單:由電商企業推送電子訂單數據，主要內容包括訂購人信息、訂單號、支付單號、物流單號及商品信息等。
支付單:由支付企業推送支付單數據，主要內容包括支付人信息、支付金額、訂單號、支付單號等。
物流單:也稱為運單，由倉儲物流服務商推送運單數據，主要內容包括物流單號、訂單號、商品信息、收貨人等。
海關系統會按照以下規則對信息進行校驗，確認是否放行;
(1)訂單、支付單、物流單匹配一致;
(2)電商平臺、電商企業備案信息真實有效;
(3)訂購人姓名、身份證號匹配查驗一致;
(4)訂購人年度購買額度小于等于人民幣26000元;(5)單筆訂單實際支付金額小于等于人民幣5000元;
(6)單筆訂單單個商品數量小于8個，商品總數量小于25個;
(7)訂單商品價格、代扣稅金、實際支付金額等計算正確(允許5%誤差);
(8)訂單實際支付金額與付單支付金額、支付人信息等一致。
對于稅費，第三方代理清關公司在海關設置有保證金賬戶，訂單放行的同時會對保證金進行扣減。
在三單合一匹配規則中，訂單申報信息中包含電商企業代碼、電商平臺代碼，但支付單申報信息中僅包含電商平臺代碼，即海關系統的關注點在于訂單、支付單需要發生在同一個平臺，支付企業與電商企業是否簽訂協議并不重要。
實際上，在業務開展籌備期進行海關備案時，企業需要申報電商平臺是自建還是掛靠第三方電商平臺。當然，掛靠的第三方電商平臺本身首先需要完成海關備案，否則會導致后續訂單清關失敗。

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