超細粉碎技術的應用為水產品深加工拓寬了范圍，提高了產品質量。水產品經超細粉碎可作為食品工業原料，開發出各種功能食品，如將海帶、海藻、螺旋藻等加工成微細粉體，可添加于多種食品；一些水產動物的不可食部分通過超細粉碎就可成為易被人體吸收的營養食品，如水產品的骨類，含有豐富的鈣，超細粉碎后制成的骨粉，人體吸收率可達90%以上。蝦、蟹等甲殼類水產品的外殼是生產甲殼素和殼聚糖的原料，甲殼素及其衍生物對人體能起到促進細胞的新陣代謝，修復受損細胞及傷口愈合，增強免疫功能等作用。近年來，由于畜骨、蛋殼等畜禽的物料中常含有重金屬及農藥類污染物，人們把選取鈣源的目光轉向了海產品，將貝類的殼超細粉碎加工處理后可作為理想的補鈣劑。如超細粉碎制取的牡蠣殼粉，可以在液體食品中廣泛使用。
珍珠是一種含有20多種氨基酸和人體所需的微量元素、稀有元素以及蛋白質、無機鈣等的天然營養品，但由于珍珠具有堅硬的同心疊層結構，粉碎很困難，用傳統方法加工不僅會破壞部分營養成分，而且由于產品粒度粗，人體的吸收率僅為30%以下，超細粉碎的珍珠粉，粉體粒度能達到2μm以下，既保證了珍珠成分的完整性和性，又有利于人體的吸收，能充分發揮其功效。其他如魚、蝦、龜、鱉等水產品，經超細粉碎加工成魚粉、蝦粉、龜鱉粉，可制作多功能保健食品。鯊魚軟骨超細粉碎后可制成具有較好抗癌效果的藥劑。
在水產飼料生產中的應用
在現代飼料工業中，幾乎所有的飼料組分都要進行粉碎，以提高物料的混合性能和有利于顆粒的壓制，并改善動物對飼料的消化能力。如水產顆粒飼料，原料粉碎粒度越細，在制粒前吸收蒸汽中水分的能力就越強，有利于調質和顆粒成形，使顆粒具有良好的水中穩定性，可提高飼料報酬，減少水質污染。
在水產飼料生產中，飼料組分和原料粉碎粒度還必須滿足制粒加工的要求，用作制粒或膨化的原料粉碎粒度必須有99%的顆粒小于1/3模孔直徑，以防止模孔堵塞。對于蝦、鰻魚、甲魚等特種水產飼料，其原料的粉碎粒度及粒度分布的要求更高，一般的粉碎機粉碎已難于達到要求，必須進行超細粉碎。如用于蝦養殖的飼料要求原料粉碎粒度為95%的顆粒小于250μm，普通鰻飼料要求原料粉碎粒度為98%的顆粒小于180μm，而許多仔魚飼料要求原料粉碎粒度為95%的顆粒小于100μm，超細粉碎就能較好地滿足這方面的要求。超細粉碎技術還被廣泛用于各種飼料添加劑的精細加工。

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